為講求食物的來源不受污染，人們要求生產食物的土壤必須健康而營養均衡，水源及空氣必須清新干凈，生產的食物必須清潔衛生，沒有污染或毒物殘留。更希朢自然資源能夠永續利用，因而有了有機農業的生產體系。
臺灣過去為了大幅提升農業產值，高度投入生產資材，每公頃每年平均施用農藥40公斤，化學肥料500公斤，均為世界之冠。造成生態嚴重破壞，河川污染，土壤退化，食物農藥殘留，影響人民健康及生態環境。
有機農業在先進國家已有相當的規模，有些歐洲國家有機農業占整個農業生產面積已達到6~10%的水平，但在我國推行有機農業10余年，卻仍達不到1%的水平。過去努力的程度也許不夠，未來發展的空間還很大，值得我們更進一步努力。
一、經營者應有的心態和信念
有機農產品的認證有其嚴苛的條件，所以有機農場的經營管理，自有其異于一般農場經營之處。有機農場在生產有機農產品的過程，必需注意與化學栽培區之隔離，特別是農場土壤和水源的保護，以及投入物資的管制。收獲后應注意調制包裝過程，防止污染源之導入。并注意保鮮，以維持有機農產品之質量。
根據國際有機農業聯合會（ifoam）的目標，有機農業經營者應該了解，有機農業生產與加工體系，對社會及生態的影響。在生產過程，應設法提升耕作體系中土壤生物、微生物，以及動植物之多樣化與生物循環。也要在農場中，盡量發展永續的水生生態系統。最重要的是提高土壤的肥力和生產力，盡可能利用當地生產體系中可再利用資源。也就是盡量使農牧業廢棄物，充分再利用。
所以協調作物和畜牧平衡的生產也很重要，應設法使畜牧廢棄物因制作堆肥，得以充分的再利用。以提升土壤肥力，又使得畜牧生產所造成的污染最少。農產品加工方面，則應該注重生產過程添加物及廢棄物，必須對環境不造成任何污染。最終目標希望從事有機農業生產及加工的人，應該要享受優質的生活，包括獲得足夠的收入，滿足基本的生活需求，滿意從事的工作，并盡量使整個有機農業生產、加工和銷售，都能符合社會公平和正義的原則。
首先，有機農場經營者不能抱著賺大錢的心態。有機農業基本上是一種低投入，與大自然妥協，和諧共存的農業生產方式。而不是高投入，人定勝天，強取豪奪的掠奪式農業。有機農業在經營之初，一方面由于經營者經驗不足，另一方面由于生態環境長期受到化學農業，以及工業化社會環境的破壞。土壤肥力不均衡，生態環境惡劣。
因此，經營者很容易因為遭到病蟲害及雜草危害，大幅減產的挫折。所以在放棄化學農法，實行自然農法之初，即應有面對挫折的勇氣，以及解決困難的決心。當然也要有萬一減產，面對虧損的心理準備。但是，等到幾年以后，由于不再碰觸農藥，天天處于清新自然的環境，身體恢復健康。看到殘破死寂的大地再度恢復生機，自然生態環境，生生循環不息，農場處處鳥語花香，萬物和諧共存。經營者自然會感受到，一切的辛勞與付出都是值得的。
中興大學農場施行有機農業四年半來，生態豐富而多樣化，到處可以見到野鷹、野兔、烏龜、青蛙及蛇類等野生動物的蹤跡，夏夜螢火蟲更是到處飛揚。甚至曾出現過罕見的八色鳥、水雉及黃金角蛙。每天總有近千只麻雀，在農場啄食稻穗及果實。農場同仁甚以為憂，我總是勸同仁要有雅量，讓鳥吃一點，吃剩的就是我們的。
我舉美國政府規定田納西河流域兩旁的農田收獲時，必須在田間保留百分之十五的農作物，不可以采收，供做野生動物的食物，否則就會觸犯法令。因為那些地方本來就是野生物的棲息地，人類來了以后，開墾占為已有，自然應該尊重原來的地主—野生動物，留給他們一條生路。事實上，鳥類在吃食作物的同時，也在進行控制害蟲族群的工作。如果生態體系夠好，蛇及鷹類也慢慢可以控制鳥類的族群，達到生態上的平衡。
二、慎選土壤以經營有機農場
有機農場應選擇隔離地區，以避免一般化學栽培噴灑農藥之污染。為防止上游之污染源導入灌溉水，有機農場之水源以獨立使用為原則。否則應鉆深水井，抽水灌溉。以免上游化學農藥及肥料成為污染源，而污染有機農場土壤。
同時也要考慮土壤是否殘留毒物。基本上，選擇一個與外界有天然屏障隔離，有獨立水源，且未遭受污染的土地，用來經營有機農場，是最省事的辦法。但是這樣的條件，在國內并不容易找到。退而求其次，則需要建構人為的屏障，例如用高大的綠籬來阻隔外界的污染源，但仍需相當的隔離距離。隔離不只要注意防止空氣和水源的污染入侵，也要防止雜草種子、病蟲害及有害生物，諸如福壽螺的入侵，所以在入水口及出水口處應設法裝置紗網，可以減少雜草和病蟲害的防治費用。
如果找不到隔離的農場，另外一個最好的辦法，就是勸導鄰近的地主，大家一起來推行有機農法。如果能夠邀集整個灌溉流域，或者整個村莊的農民，大家一起從事有機農業，那更是功德無量。對整個大環境的天然資源保育，以及大片土地的永續利用，都可以獲得更好的結果。所以找不到隔離環境和獨立水源的人，也不必悲觀。或許花一點心力，說服鄰近的地主，鼓勵大家一起來從事有機栽培。互相切磋，可能更容易達到目標，也成就更大的功德。
在臺灣經營農場選擇土壤，首先應考慮土壤排水等物理性質。臺灣由于雨水量大集中，往往造成土壤排水不良。長時間處于通氣不良情況，作物根系環境惡劣，生育不良，往往造成有機農場之經營困難。所以選擇有機農場，應以土壤排水良好為第一優先考慮。排水較差土壤，可以考慮做為有機水稻生產之用。但嚴重排水不良土壤，即使種植水稻也不適宜，必需事先改良排水，才能從事農耕。
近數十年來化學農業的發展，機械化與化學物質之大量投入。土壤貧瘠，水資源污染，生物多樣性喪失。因此造成許多問題，威脅到國家社會之安全與生存。資本主義重視經濟效率，農業生產必須大規模的集約經營，否則就無利可圖。有機農業事實上是違反此一原則的，它并不依照生產的便利及利潤的追求，來生產農產品。配合植物生理，依循自然的生態與法則。
依據市場經濟法則，會有許多害處
偏重經濟價值較高之作物，常違反大自然的法則，進行不合理栽培，以致到最后不使用化學物質就無法栽培。
特殊農產品的生產，近代農業之經營，看起來賺錢，卻也有很大的陷阱，就是生產成本逐漸提高。農產品為低需求彈性之商品，為使其能在市場持續出貨，往往陷于削價競賣之命運。顯然農業上提高生產成本是一種自殺式的行為，而且特殊農產品隨時就可能變成為普通產品，只好再改變轉而生產其它高價值農產品。
新產品因成本高，除非能高價出售，否則無以為繼。形成惡性循環，不知不覺中將農業經營導入可怕的泥沼。將農產品當作商品其實是一種錯誤，生產者不知道誰要食用他生產的農產品，消費者也不知道食用的是誰生產的食物，其間缺乏善良人性的介入，則問題永遠存在。
三、熟習有機認證基準
經營者在決定從事有機農業之前，就應該研讀熟悉國家和國際有關有機農產品認證基準。國際有機農業聯合會（ifoam）訂定的基準相當詳盡，值得參考。所有耕作措施，均須注意其相關的規定。更重要的是經營者對有機農業必須具有正確的心態和理念。
我國的有機農產品認證基準訂定甚早，有許多漏洞與錯誤，與國際認證基準也有很大的差異。不易給生產者遵循，給消費者信心，甚至無法保護國內的有機農產業，必須盡早重新修訂。
一旦決定變更為有機農場，當即停止使用任何化學農藥，包括除草劑、殺蟲劑及殺菌劑之使用。任何化學流程制造的化學肥料，也一律禁止使用。并應厲行制造堆肥，以改進土壤生產力。有機農業可以使用的資材，應參考行政院農業委員會訂定的有機農產品生產基準之規定。國際有機協會規定一年生作物，如果其生產周期開始前已有12個月（一年）的生產過程，符合有機基準，則可以稱為有機作物。
多年生作物則需在其第一次收獲前滿18個月（一年半）的有機栽培期。但我國及日本的有機認證則均規定，要連續三年以上，生產過程符合有機基準，才能稱為有機作物。在這之前，只能以“準有機農產品”出售。
從化學農業轉換到有機農業，要有一定的轉換期間，這個期間通常是三年。在這期間，所有的操作都要明確的朝有機農業的方向進行。不但要建立相關的標示牌，記錄開始轉換之日期，同時要有相關的生產資材投入以及產出，銷售的詳細記錄。以供驗證單位做為認證查核的依據。如果農場同時存在作物和動物的生產，則應在同一時間，同時進行有機轉換操作。且不得栽培或飼養基因改造的生物（gmo）。
四、慎選生產資材
有機農業為符合國家，乃至世界性認證團體制定的有機農產品生產基準，必需慎重選擇所使用的生產資材。經營者必須依據相關的規定，慎重比較并選用合適的資材。一般而言，以天然提煉、淬取或物理方法制造之資材，均屬可用資材。有些化學物質在特殊情況下，也可以應用。但僅限于在某些天然物質無法取得時之代替品。有機堆肥是有機栽培使用最大宗的資材。
有機農場應自行利用農場廢棄物，例如作物殘株和牲畜廄肥，堆積制造優質堆肥。但限于農家人力，往往不易做到百分之百自制堆肥。過去政府曾補助許多大型堆肥廠，利用畜牧廢棄物制造堆肥出售。但由于各家的材料來源不同，技術上的差異，產品質量不一。采購前應充分了解其成分，及是否充分腐熟。沒有充分腐熟之堆肥，容易傳播寄生蟲卵或病原菌，對人體健康及家畜疫病防治，有不良的影響；也往往因為后腐熟作用，容易對作物種子萌發，或根系生長造成傷害。
所有購入之生產資材，必需保留一部份樣品儲存，以備萬一發生問題時，做為追查責任之依據。此外，也要提防不肖商人在合法有機資材內，加入不宜添加的物質。例如，在有機堆肥中添加化學肥料，以提高肥效；或在抑制蟲害的生物制劑添加化學農藥。這些情況發生的機率不多，但卻是極為重大的危險。往往造成多年的心血功虧一簣。所以政府輔導各有機協會辦理認證，應從有機資材的認證檢驗做起。理論上，只有通過認證的廠商，才有資格提供有機農業相關資材。
五、作物與動物共同生產
良好的有機農場應該兼有動物和植物的生產，利用作物的殘株或種植綠肥用以飼養牲畜，部分用以肥田。牲畜糞尿配合蒿草制作堆肥，改善土壤的生產力，應是最好的配合。有機農業主要目的，是土地與自然資源的永續利用。為使整個生態體系可以永續生產，必須考慮作物和畜牧的多樣性，并使所有生產要素能相互支持互補，達到最佳狀態。所以良好的有機農場應該兼有動物和植物的生產。利用作物殘株或種植綠肥作物，部份充當飼料飼養牲畜，部分用以肥田。牲畜糞尿配合蒿草，制作堆肥改善土壤的生產力，應是最好的配合。有機農場往往有許多殘株、米糠、碎米及菜屑廚余等廢棄物，均可以充當動物飼料。動物植物同時生產，也有助于生態的多元化。
六、作物及品種的選擇
有機農場經營的作物種類和品種應該盡量選擇本土、本地種，以適應當地氣候和土壤，以及對病蟲害的抗性。特別在品種選擇上，應盡量考慮基因的多樣化。種子及種苗以有機農業生產者為優先考慮。任何基因改造之種子、種苗或花粉均在禁止之列。
有些時候，經營者必須在農場上試種多種作物，才能試出適合當地氣候風土的種類和品種。但不管選出來最適合的是那一個種類或品種，不能只選擇種植少數一兩個品種，應該同時栽培多種作物，每種作物也以混合品種為宜，以符合生物的多樣性。
有機農法要求作物生產的多樣性，多樣性可以分為時間與空間兩方面。時間上的多樣性，應該含有種植豆科作物，當做綠肥在內的輪作體系；也可以考慮水稻和旱作物的輪作。空間上的多樣性，則在鄰近的田區，種植不同種類作物；或在同一田區，種植混合的品種。都有助于生物的多樣性。坡地則要考慮隨時有不同作物生長，使土壤獲得適當覆蓋，減少因雨季造成的水土沖蝕，或者因旱季強風造成的風蝕流失。
七、有機農場的設計規劃
有機農場時，要發揮創造力，把每一塊土地變為賞心悅目的園地，在空地上盡量栽植香草或香花植物，可以改善生活環境。有些香花植物如天人菊或羅勒，不但耐旱，美觀，而且可以抑制病蟲害，一舉數得。有機農場在選擇飼養動物，或種植作物之種類時，必須小心。不必要去選擇經濟價值高的奇花異果，奇牲怪獸來經營。
一般而言，這些高價值的動植物常易遭受病蟲害的侵襲，照顧不易，所以有機農場的第一守則，就是選擇本土及野生種為第一優先。不管飼養的動物或種植的作物，原則上均以本地種或野生種為宜。例如飼養本土山羊、土雞，種植山蘇和山芹。因其健壯容易照顧，適應性強，病蟲害抗性高，都是很好的選擇。設計有機農場應該考慮自然特性，適切的布置。事先繪制平面圖和布局，并考慮生活起居和機械操作的方便性。
農場的自然特性，包括土壤的質地、地形，生態，均應事先調查。有些時候，對這些先天的自然條件，需要加以改變，以改善農場的經營效率，但不應破壞生態的多樣性。整個農場規畫應建立自然生態系的最多樣化為原則。最好能保留部份地區為雜草或原始林地，以促進生物多樣化和自然保育。生態上也宜保留自然水生區，如池塘、濕地、草地、沼澤等。
在生產的過程，也要注意到景觀與生物多樣性的配合。農場的灌溉排水溝，應避免水泥溝底，以維持原始地面為宜，可以促進生物的多樣化，提供野生動物如青蛙、螢火蟲的棲息地。路面也以天然碎石或可滲水材料較適當。
▲使用稻殼：農場土質很好，但松江地區土壤黏重，經高溫照射之后容易干裂。將稻殼適量拌入可以有效增加土壤疏松性、保水性；腐爛的稻殼也可以成為微生物棲息的環境，增強土壤活力。
八、土壤肥力的管理
有機農場應有豐富的有機質回歸土壤中，供為土壤生物及有益微生物的糧食。用以豐富土壤微生物相，繁殖微生物族群，增進微生物活性。這些活躍的微生物分泌的膠結物質和菌絲，有助于形成土壤團粒構造。微生物對有機質的礦質化，也有重要的功能。
所以充分供應土壤有機質，是有機農場土壤肥培管理的基礎。在施用商品化堆肥或有機資材時，應防止重金屬及其它污染物質的累積，且應維持適當的土壤ph值。如果堆肥的原料含有人糞尿，則不得應用在供人類食用之蔬菜生產上。
土壤肥力與作物生長，關系至為密切。臺灣一般新沖積土中，含有相當豐富的鹽基，包括鈣鎂鉀，以及鐵錳銅鋅等必要微量元素。但除非有機質含量豐富的土壤，一般土壤礦物中并不含有作物必要的氮和磷。
除了豆科植物可以和根瘤菌共生，自行固定空氣中氮素，加以利用外，大部分作物栽培都必需額外供應氮肥及磷肥。氮磷鉀三要素中，鉀肥可以在黏土礦物風化過程緩慢釋放，所以如果并非密集的栽培，能讓土壤有適當的休耕期間，事實上鉀肥可以不必大量施用。但栽培根莖作物時，則對鉀肥的需求極為迫切。
有機栽培可以施用草木灰或腐植酸鉀，補充鉀肥。磷肥則以磷礦石、骨粉為宜。磷礦石由于含有氟的成分，結構有如牙齒，除非在酸性土壤中，否則有效性相當低。補充土壤中營養元素最好的材料，當然是腐熟的有機質堆肥和綠肥。堆肥和綠肥中除含有機碳源，可以供應土壤微生物充足的食糧外。這些有機質肥料并含有豐富而均衡的氮、磷、鹽基以及微量元素，對作物根系的發展以及植株的生育，有重要的功能。
有人不明了化學肥料為什么不能用在有機栽培上，這牽涉到化學肥料的制造過程。我們都知道化學肥料制造過程中，耗費了大量的能源，這與有機農法低投入的哲學，是互相抵觸的。但最主要的原因還不在這里，我們用得最多的肥料，包括硫酸銨、過磷酸鈣，和硫酸鉀，在制造的過程，都添加了硫酸。這些化學肥料施用到土壤，等到銨、鉀離子及磷酸根被植物吸收之后，剩下硫酸根殘留在土壤中，結果使得土壤急速的酸化。
土壤急速酸化的結果，造成土壤中許多營養元素有效性降低，微生物活性降低，重金屬溶解度增加。此外，過剩的硝酸鹽淋洗進入地下水，污染水資源。磷酸鹽被沖刷流入水庫或湖泊，造成水庫湖泊的優養化，對生態有不利的影響。蔬菜吸收太多的氮素，形成硝酸鹽含量過高，對人體健康也有不良影響。有機堆肥以緩效性分解釋放，均衡養分，不致造成某些元素過量吸收之問題。
堆肥是最好也是最環保的肥田物質，有機農場應該自己制造堆肥。可用的材料包括殘枝落葉、雜草、任何天然纖維物質、茶渣、咖啡渣、菜屑、果皮及廚余，均可以用來制造堆肥。作物殘株加上一些動物糞肥充當氮源，添加少量石灰，并加上少許天然林木下土壤，當做微生物來源，調整含水量至60~70%，堆積一定厚度，在通氣情況下，即可制造很好的堆肥。
通氣良好情況下，腐熟過程的高溫，通常也可以消滅有害的病原菌及雜草種子。堆肥可以說是養分最均衡的肥田物質。堆肥制造過程一定要注意材料的調配，適度氮源的供應，堆積的高度，以及適時翻堆通氣，以便好氣性菌發揮作用，在良好的腐熟過程中發生高溫，以殺滅雜草種子及病原菌。種植豆科綠肥，在開花期前翻耕入土，可以有效增進土壤肥力。
在土壤中養殖蚯蚓更是最好的方式，蚯蚓以有機物質為食物，將它分解，再以擬糞形式排出，有助于產生土壤團粒構造，改善土壤排水通氣性，并提供養分，蚯蚓產生的酵素也可以提高細菌的效率，促成新鮮有機質腐熟及礦質化。許多天然有機物質，包括魚粉、骨粉、血粉、海藻粉、草木灰、豆粕、腐熟的動物糞肥，都是很好的肥田物質，有助于維持土壤中豐富而均衡的養分供應。
九、輪作的必要性選擇
不同的作物輪作，是維持田園生機和土壤活力很重要的步驟，也是促進動植物生態多樣化的必要手段。例如選擇豆科和十字花科蔬菜輪作，不但可以減少土壤中毒害物質的產生，降低所謂的連作自毒作用，也可以提高土壤生物和微生物的活性和多樣性。
規劃有機農場，必需將田地分成數塊，每年(或每期作)輪流栽植不同的作物。由于寄主的中斷，可以減少病蟲害的發生，使地面和土壤中的生物族群多樣化，也可以使根系環境的微生物相更形豐富。豆科作物與其它作物輪作，更可以增加氮素的供應。
